U MZe posuzoval NKÚ to, jak resort plní svou roli zakladatele fondu a jediného akcionáře, kterou vykonává jménem státu. MZe také poskytuje ze státního rozpočtu každý rok PGRLF dotaci. Ta je hlavním zdrojem podpor, které fond vyplácí zemědělcům. Většinu prostředků, které PGRLF v kontrolovaných letech vyplatil, představovaly nenávratné podpory. Šlo například o finanční podporu ke snížení úroků z úvěrů poskytnutých komerčními bankami, ke snížení jistiny úvěrů při nákupu půdy nebo ke kompenzaci části pojistného proti nepředvídatelným rizikům. Fond poskytuje také úvěry, které v kontrolovaném období tvořily necelou pětinu poskytnutých prostředků.

NKÚ vytkl MZe řadu nedostatků ve strategickém řízení PGRLF. Ministerstvo u programů podpor nestanovilo vhodné ukazatele, díky kterým by mohlo sledovat, zda a jak poskytované prostředky přispívají k rozvoji zemědělství. Ukazatele byly velmi obecné a neobsahovaly očekávané cílové hodnoty, kterých chce MZe dosáhnout. Ministerstvo sledovalo počet schválených žádostí, počet podpořených osob, objem vyplacených prostředků nebo objem poskytnutých úvěrů.

Ministerstvo také schvalovalo některé dokumenty zásadní pro činnost PGRLF se značným zpožděním. Je tedy otázkou, zda a jak je pak mohlo využít k efektivnímu výkonu akcionářských práv vůči fondu. Například koncepci PGRLF, která stanovila cíle pro rok 2015, schválilo MZe zhruba dva měsíce před koncem příslušného roku. Obdobně ministerstvo určovalo s velkou prodlevou a navzdory svým vlastním harmonogramům i hodnoticí ukazatele pro členy představenstva. Ti tak vykonávali své funkce 5 až 10 měsíců v roce bez schválených ukazatelů, podle kterých by se měla určovat výše jejich ročních odměn.

NKÚ upozornil i na to, že právní forma PGRLF jako akciové společnosti dle jeho názoru neodpovídá obecným principům "Strategie vlastnické politiky státu", kterou schválila vláda. Ta uvádí, že obchodní společnosti vlastněné státem vznikají kvůli podnikání, jako hlavní cíl mají dosahovat zisku a měly by být na vlastníkovi maximálně finančně nezávislé. PGRLF je sice obchodní společností, v jeho činnosti ale zcela převažuje podpora hospodářské politiky státu v sektoru zemědělství. Rozhodujícím zdrojem prostředků pro činnost fondu jsou dotace ze státního rozpočtu. PGRLF je tak při plnění svých úkolů zásadně finančně závislý na státu jako svém vlastníku a slouží k plnění cílů jeho veřejné politiky.

PGRLF je sice plně ve vlastnictví státu, jako obchodní společnost je však soukromoprávním subjektem, a kontrola u něj tak mohla proběhnout jen v omezeném rozsahu v porovnání s kontrolami, které NKÚ provádí u veřejných institucí. Za současného právního stavu nemá NKÚ mandát kontrolovat prostředky a činnost celého PGRLF. Ten zase nemá povinnost oddělovat procesy či předpisy, které souvisí s nakládáním s dotacemi ze státního rozpočtu, od jiných svých činností. NKÚ také nemohl zkontrolovat přímo zemědělce jako konečné příjemce, protože PGRLF jako soukromoprávní společnost s nimi uzavírá smlouvy o podpoře svým jménem, nikoliv jménem státu.