Povodně jsou podle MŽP pro ČR největším přímým nebezpečím, pokud jde o přírodní katastrofy, a ohrožení představují i v souvislosti s klimatickou změnou. Významné riziko povodní se podle zprávy z roku 2018 týká 2,8 tisíce kilometrů vodních toků.

MŽP a MZe odhadly v roce 2010, že na ochranu před povodněmi by bylo ročně potřeba zhruba 4,2 miliardy korun, a tento odhad potvrdily i v roce 2015. Ve skutečnosti na ochranu před povodněmi MZe a MŽP vynaložily průměrně 1,4 miliardy korun ročně. Ze 135 opatření, která resorty plánovaly na léta 2015 až 2021, jich více než polovina nebude do roku 2021 ani zahájena.

"Důvodem, proč se protipovodňová opatření oddalují, ale není nedostatek financí. Ochrana před povodněmi se protahuje především kvůli pomalému čerpání peněz. Svou roli může hrát i to, že od posledních velkých povodní uběhla dlouhá doba a zájem veřejnosti i tlak na provádění opatření už zeslábly," doplnil člen NKÚ RNDr. Petr Neuvirt, který kontrolu vedl.

Peníze na stavby k ochraně před povodněmi putují především z prostředků MZe. Přírodě blízkých stavebních opatření, která podporuje MŽP z peněz EU, je málo. Podle Evropské agentury pro životní prostředí jsou přitom přírodě blízká opatření efektivní i z pohledu nákladů. MŽP se ale nedaří je prosadit. Státní podniky, které mají jednotlivá povodí na starosti, dávají přednost čerpání peněz z rozpočtu MZe na technická opatření, jako jsou například stavby hrází, stabilizační úpravy toků apod.

K ochraně před povodněmi napomáhají také opatření, která vrací vodním tokům jejich přirozenou podobu, tzv. revitalizace a renaturace. Probíhají ale jen pomalu. Národní akční plán pro boj se změnami klimatu je přitom uvádí jako jediný druh opatření, které má zvýšit přirozenou schopnost zadržovat vodu u vodních toků a niv. Například revitalizací prošlo mezi lety 2010 až 2018 jen 61,3 kilometru vodních toků ve správě kontrolovaných správců povodí. Do roku 2017 se měly v každém povodí uskutečnit pilotní projekty renaturace vodního toku. Povodí Labe dokončilo 14 renaturací a dalších 13 probíhá, jeden projekt provádí Povodí Moravy. Povodí Odry a Vltavy zatím žádný takový projekt renaturace nemá.

Zdlouhavé jsou i pozemkové úpravy, díky kterým by se mohly stavět protipovodňové stavby. Od roku 2008 přitom platí novela vodního zákona, která dává podnikům povodí možnost vyvlastnit pozemky pro tyto úpravy. MZe v důvodové zprávě k této novele počítalo s tím, že do roku 2015 vznikne 10 tisíc hektarů zátopových území. Do začátku roku 2019 ale přibylo jen 3 tisíce hektarů těchto ploch.

Jedním z problémů, se kterými se ČR při ochraně před povodněmi potýká, je i výstavba v záplavových územích. NKÚ si vybral ke kontrole 40 stavebních projektů dokončených v letech 2015 až 2018 v místech ohrožených povodněmi a zjistil, že se staví přímo v aktivních záplavových zónách. U čtvrtiny z těchto případů nikdo nepodal u správce povodí žádost o stanovisko k dané stavbě, další pak vznikly i přes negativní postoj správců povodí.

K výstavbě v oblastech s velkým rizikem povodní docházelo také kvůli tomu, že pro některé části vodních toků s významným povodňovým rizikem příslušné úřady nestanovily záplavová území a nevymezily aktivní záplavové zóny.