Ministerstvo zdravotnictví pravidelně poskytuje prostřednictvím investičních programů finanční prostředky na podporu a rozvoj materiálně technické základny, včetně oblasti informačních technologií a kybernetické bezpečnosti, pro fakultní nemocnice, nemocnice a ústavy ve státním vlastnictví, zdravotnická zařízení v majetku obcí a krajů, poskytovatele zdravotnické záchranné služby, ale také krajské hygienické stanice, zdravotní ústavy a Státní zdravotní ústav. Posilována je takto mimo jiné i centrální infrastruktura resortu Ministerstva zdravotnictví, provozovaná Ústavem zdravotnických informací a statistiky ČR.

Přímá dotace na financování kybernetické bezpečnosti byla v uplynulých letech realizována v rámci Integrovaného operačního programu, konkrétně v rámci výzvy č. 10 "Kybernetická bezpečnost", která byla zaměřena na subjekty spravující kritickou informační infrastrukturu nebo významné informační systémy ve smyslu zákona o kybernetické bezpečnosti

Dále byla mimo jiné realizována i výzva č. 23 Specifické informační a komunikační systémy a infrastruktura I. a č. 26 eGovernment I. Ve 23. výzvě realizuje Ministerstvo zdravotnictví svůj projekt s názvem "Integrovaný systém uživatelů pro krajské hygienické stanice", jehož cílem je vybudovat nový jednotný integrovaný komunikační systém MZ ČR pro krajské hygienické stanice, který bude zejména z bezpečnostního hlediska naplňovat moderní požadavky na informační systémy orgánů veřejné správy. Systém umožní centrální nastavení rolí a odpovědností, procesního modelu řízení a předávání informací v souladu s požadavky legislativy a platných odborných norem.

Ministerstvo zdravotnictví vydalo na projekty ve spolupráci s EU celkem 2,2 mld. Kč. Ministerstvo zdravotnictví se také zapojilo do přípravy implementačních plánů programu Digitální Česko a předložilo do něj aktuálně 18 záměrů s alokací přes 6 mld. Kč, z toho minimálně 2 mld. jsou směřovány do kybernetické bezpečnosti.