Podle Evropské komise je Andrej Babiš nadále i přes vložení Agrofertu do svěřenských fondů ve zřejmém střetu zájmů a porušuje nejen českou legislativu, ale především evropské předpisy. Evropské nařízení o střetu zájmů je nadřízené českému zákonu a státní úřady a úředníci jsou tímto předpisem přímo vázáni.

"Přesto Státní zemědělský intervenční fond minulý týden oznámil, že opět začne vyplácet dotace Agrofertu, a z dopisu vysokého státního úředníka na Ministerstvu zemědělství vyplývá pokyn, aby vedoucí státních úřadů audit Evropské komise nezohledňovali a Agrofertu dál přiznávali veřejné zakázky a vypláceli dotace. Česká republika tak reálně čelí hrozbě, že dotace vyplacené pro Agrofert nebudou proplaceny z fondů Evropské unie a budou sanovány výhradně z českého rozpočtu, tzn. z peněz českých daňových poplatníků. To je pro nás nepřijatelné, státní úředníci a orgány musí vždy hájit primárně zájmy státu a jeho občanů, a ne zájmy jednoho soukromého holdingu, byť je jeho beneficientem předseda vlády. Je zde tak riziko, že České republice vzniknou tímto jednáním státních orgánů - popřípadě konkrétních osob - rozsáhlé finanční škody, a proto dáváme tento podnět k prošetření skutečností, zda nedošlo nebo nedochází při poskytování dotací Agrofertu ke spáchání trestného činu," doplnila Markéta Pekarová Adamová.