Podpora na prevenci kriminality směřuje například na kamerové systémy, komunitní práci s dětmi a mládeží, probační a resocializační programy nebo prevenci rizikového chování u vojáků. Přes 78 % peněz na prevenci kriminality rozdělovalo MV. Obecné cíle projektů byly například "zvýšení pocitu bezpečí" nebo "omezení možnosti páchání protiprávního jednání".

MV navíc podporu nesměrovalo do regionů s nejvyšším počtem trestných činů. Rozdělení peněz do jednotlivých regionů neodpovídalo ani indexu rizikovosti krajů, kterou zpracovává samo ministerstvo. Důvodem měl být mj. nízký zájem žadatelů, administrativní náročnost nebo čerpání peněz z jiného dotačního zdroje.

MSp mělo v kontrolovaných letech v prevenci kriminality pět priorit zaměřených na probaci a resocializaci dospělých, podpořilo ale jen tři z nich. Jedním z důvodů bylo, že ministerstvo programy málo propagovalo. Počet žadatelů byl nízký a MSp schválilo všechny žádosti o podporu. Více než polovinu celé podpory tak získaly dva projekty stejné obecně prospěšné společnosti.

U 15 z 31 probačních projektů programů MSp se nepodařilo naplnit plánovaný počet klientů. Těch, kteří program úspěšně absolvovali, byla jen necelá polovina. Náklady na jednoho klienta se přitom pohybovaly od 907 do 39 600 korun a nejvyšší náklady měly programy, které čerpaly nejvíce peněz. Maximální finanční limit na klienta nebo počet úspěšných klientů začalo MSp hodnotit až v srpnu 2018.

MO použilo v letech 2015 až 2017 téměř 90 % peněz prevence kriminality v souladu se zákonem o vojácích z povolání na volnočasové aktivity. Šlo například o vstupenky na kulturní a sportovní akce pro příslušníky resortu nebo rodiny vojáků z povolání. Na diagnostické a vzdělávací aktivity šla jen malá část peněz.

U podpory MV a MSp si stanovovali měřitelná kritéria pro hodnocení výsledků sami příjemci. Ti je ale nastavili často neměřitelně, například jako "zdravé trávení volného času dětí a mládeže z rizikové skupiny", "změny chování cílové skupiny" nebo "mediální ohlasy".

NKÚ v rámci kontroly provedl také dotazníkové šetření u dalších nejvyšších kontrolních institucí Evropy, aby porovnal, jak jsou v zahraničí nastaveny programy prevence kriminality a jaký je jejich způsob hodnocení. Například v Estonsku mají měřitelné cíle už na strategické úrovni, u programů jsou stanoveny cíle a měřitelné výsledky. Většinu programů mají založenou na praxi z jiných evropských zemí a účelnost programů hodnotí i výzkumní pracovníci.